Καταγόμενος από τη Σικελία, ο άγιος Αγάθων έγινε μοναχός μετά τον θάνατο των γονιών του, για να ακολουθήσει την οδό που οδηγεί στην τελειότητα. Θαυμαστός για τις γνώσεις του που τις συνόδευε βαθιά ταπεινοφροσύνη, είχε συγχρόνως χαρακτήρα γλυκύ και καρδιά απ’ όπου ξεχείλιζε η ευσπλαχνία. Αφού για πολλά χρόνια χρημάτισε θησαυροφύλακας της Εκκλησίας της Ρώμης, διαδέχτηκε τον πάπα Δώνο, τον Ιούλιο του 678.
Η σύντομη πατριαρχία του σημαδεύτηκε, στο εσωτερικό, από μια τρομερή επιδημία πανούκλας που δεν είχε το όμοιό της στη μνήμη των ανθρώπων. Ως καλός ποιμήν επικεφαλής του ποιμνίου του, ο Αγάθων οργάνωσε λιτανείες και δημόσιες προσευχές για να κατευναστεί η οργή του Θεού. Πραγματοποίησε πολλές ιάσεις, πράγμα που του απέφερε τον τίτλο του Θαυματουργού. Μια μέρα, συναντώντας έναν λεπρό, τον ασπάστηκε και ο άρρωστος γιατρεύτηκε στη στιγμή.
Στο εξωτερικό μερίμνησε για τη στερέωση της Πίστεως και την οργάνωση της νεαρής Εκκλησίας της Αγγλίας, όπου αποκατέστησε στον επισκοπικό θρόνο του Γιορκ τον άγιο Βιλφρέδο (24 Αυγ.) που είχε αδίκως καθαιρεθεί.
Αυτό όμως που έκανε αθάνατη τη μνήμη του ήταν ο ρόλος του στην καταδίκη του μονοθελητισμού στην Έκτη Οικουμενική Σύνοδο (14 Σεπτ.). Από την εκλογή του ακόμη (680), μετά από μια σύνοδο που είχε συγκαλέσει στη Ρώμη, απηύθυνε δύο δογματικές επιστολές στον Κωνσταντίνο Πωγωνάτο, όπου εξέθετε με σαφήνεια το δόγμα της Εκκλησίας για τις δύο θελήσεις του Χριστού, αδιαιρέτως Θεού και ανθρώπου, δόγμα που θεμελιώνει για εμάς τους ανθρώπους, τη δυνατότητα της κατά χάριν θεώσεως.
Στις επιστολές αυτές, εξάλλου, ο πάπας πρότεινε τη σύγκληση μιας Οικουμενικής Συνόδου στην Κωνσταντινούπολη. Όταν η τελευταία αυτή συνήλθε, η ανάγνωση των Πρακτικών της προηγούμενης συνόδου, των μαρτυριών των αγίων Πατέρων και των δύο επιστολών του Αγάθωνος αποστόμωσαν τους αιρετικούς που καθαιρέθηκαν με απόφαση των Πατέρων, οι οποίοι διακήρυξαν τότε, όπως και στη Χαλκηδόνα, ότι ο Πέτρος είχε μιλήσει δια στόματος Αγάθωνος. Ο πάπας δεν αξιώθηκε, ωστόσο, τη χαρά να μοιρασθεί τον θρίαμβο της Ορθοδοξίας (Σεπτέμβριος 681), γιατί εκοιμήθη εν Κυρίω, στις 10 Ιανουαρίου.
Νέος Συναξαριστής της Ορθοδόξου Εκκλησίας, υπό Ιερομονάχου Μακαρίου Σιμωνοπετρίτου. Φεβρουάριος. Εκδόσεις Ορμύλια.